ان الجهاز الهضمي في الخيل نظام معقد يبدأ من الفم وينتهي بفتحة الشرج . ومن المعروف بان الخيل ليس لها كيس المرارة(gallbladder) كما هو موجود في الإنسان والعصارة الصفراء تفرز من الكبد في الأمعاء الصغيرة. إن المريء عضو عضلي (1.5 متر) ينقل الطعام من الزور بعد مضغة في الفم إلى المعدة وتتم هذه العملية بانقباضات متتالية متناغمة . يتصل نهاية المريء(esophagus) بالمعدة(stomach) بزاوية حادة والتي تخلق طريق واحد لطعام مع وجود صمام فكلا هذين السببين يمنع الخيل عند امتلاء معدتها بالهواء والغازات أو الطعام فتضغط على الصمام وهذا الضغط يغلق الصمام مما يمنع ارتداد الطعام وخروج الهواء من المعدة إلى المريء وهذه العملية تجعل الحصان غير قادر على الاستفراغ وإخراج الهواء فتكون المعدة عرضة لتراكمها بالهواء والماء مما يؤدي لانفجارها وعادة الحصان المصاب بهذه الحالة يأخذ جلسة الكلب اجلكم الله.
إن المعدة في الخيل صغيرة في الحجم مقارنتا بالحيوانات المجترة(الإبل, البقر,الغنم) وتستوعب المعدة ما يقارب (15/لتر) وتقوم المعدة بعمها على أكمل وجه عندما تحتوي على (7.5/لتر) من الغذاء و الغذاء الموجود في المعدة يتم هضمه وتكسيره بواسطة بعض الاحماض و إنزيم ال (pepsin) إن هذا الإنزيم يقوم بتكسير البروتينات وتحويلها إلى أحماض امينية إن هذه الأحماض الهاضمة تفرز في المعدة في الخيل على مدار اليوم سواء بوجود الطعام أو عدمه وهذا يجعل الخيل متشوقة للطعام .
تبدأ عملية الهضم في المعدة بمجرد دخول الطعام إليها وعند امتلائها ترتخي العضلة العاصرة(sphincter) في نهاية المعدة مما يسمح بمرور الطعام المهضوم إلى الاثنى عشر(duodenum) والأمعاء الدقيقة(small intestine) على هيئة بخار. إن إطعام الخيل كميات كبيرة من الغذاء يؤدي إلى مرور الطعام دون عمل الإنزيمات الهاضمة المفروزة من المعدة بشكل كامل وذلك بسبب صغر حجم المعدة فان إطعام الخيل كميات صغيرة من الطعام ومتكررة على مدار اليوم يضمن هضم جيد واستفاد من الغذاء ويبقي الخيل شبعه.
وننتقل الآن إلى الأمعاء الدقيقة وطولها تقريبا(21 متر) وتستوعب ما يعادل(45 لتر) حيث تنقسم إلى ثلاث أقسام الاثنى عشر والصائم(jejunum) واللفائفي(ileum) وتقع في الأمام من جهة اليسار في التجويف البطني إن عمل الأمعاء الدقيقة هو امتصاص المواد المغذية للجسم من الطعام المهضوم . وعند دخول الطعام إلى الاثنى عشر يقوم الكبد بإفراز العصارة الصفراء على الطعام وأيضا يقوم البنكرياس بإفراز الانسيولين لاتمام عملية الهضم .
والمواد المغذية الناتجة من عملية الهضم يتم امتصاصه في الأمعاء الدقيقة وتدخل الدم ومن ثم إلى الكبد والكبد لدية عدة وظائف تبدأ من المساهمة في الهضم إلى تحويل المواد الممتصة من الغذاء إلى طاقة مخزونة فيه ليستفيد منه الحصان لاحقا.
إن المواد المتبقية من الوجبة كالماء والألياف والفضلات تنتقل إلى الأمعاء الغليظة وتصل طولها إلى (7.6متر) وتنقسم إلى الأعور والقولون والمستقيم . إن الأعور(cecum) هو عبارة عن كيس يصل طوله إلى (1.2 متر) ويستوعب (26 إلى 37 لتر) وهذا الجزء غالبنا مسؤل عن عملية التخمير للغذاء ويقع في الجهة اليمنى للخاصرة ومحتواه من السوائل ويحتوي أيضا على كمية كبيرة من البكتيريا النافعة التي تقوم بتكسير السيليلوز وأيضا تقوم بتكسير هيكل الكاربوهيدرات الموجدة في الجت إلى أجزاء يستطيع الحصان الاستفادة منها في عملية الأيض. وأيضا تقوم بإنتاج بعض الفيتامينات والأحماض التي تمتص في الحصان لإنتاج الطاقة.
ويتبعه القولون(colon) ويصل طوله الى (3-3.5 متر) ويمكن أن يحتوي (75.7 لتر) من البراز السائل وفي نهاية القولون يتم امتصاص الماء من البراز ليصل إلى المستقيم(rectum) بشكله النهائي حتى يخرج من الجسم.